В структуру управления ПО «СЭС» входят следующие органы управления.
Общее собрание Общества - высший орган управления, который созывается не реже, чем 1 раз в год и проводится в конце финансового года. Каждый член Общества имеет один голос на Общем собрании Общества. Деятельность Общего собрания регулируется Уставом и Регламентом общего собрания.
Совет Общества - орган управления Общества, который управляет Обществом между Общими собраниями. Состав и Председатель Совета избираются на Общем собрании. В Совет Общества могут быть выбраны только члены ПО "СЭС". Заседание Совета общества проводится не реже 1 раза в месяц. Деятельность Совета регулируется Уставом и Положением "О Совете Общества".
Правление Общества - коллегиальный исполнительный орган, который управляет текущей деятельностью Общества и процессом создания, регулирования и развития системы электронных сделок. Правление Общества возглавляет Председатель правления. Деятельность Правления Общества регулируется Уставом и Положением "О Правлении Общества".
Ревизионная комиссия - орган управления Общества, который контролирует деятельность Общества и соблюдение им Устава. Ревизионная комиссия избирается сроком на 5 лет. Из своего состава она открыто определяет Председателя и Заместителя председателя Ревизионной комиссии. Деятельность Ревизионной комиссии регулируется Уставом и Положением "О Ревизионной комиссии Общества".
